La sede canónica de la Hermandad es la Iglesia Mayor Parroquial de San Pedro y San Pablo. La construcción del templo se inició en 1756 y su estilo es neoclásico con la portada de carácter barroco. Tradicionalmente, el diseño de los planos se atribuyen a Alejandro Perdía y su finalización a un ingeniero francés. La iglesia de San Pedro y San Pablo, como también se le conoce, posee tres naves, la central de doble anchura, compartimentada en cinco tramos, más crucero y presbiterio. La cripta se conoce popularmente como "la cueva".A su valor artístico hay que añadir el histórico, pues en este templo en septiembre de 1810 se realizaron los juramentos de los diputados de las primeras Cortes Constituyentes de España. De este momento histórico se conserva en el Congreso de los Diputados un óleo de Casado del Alisal.